Le choix technique, préalable à la construction de la station, doit prendre en compte les contraintes du milieu naturel et des documents environnementaux (SDAGE), qui fixent des normes très strictes de qualité du rejet admissible. Le village de Duerne est situé sur une ligne de crête, sur le bassin amont du Potensinet. La station rejettera les eaux usées dans le ruisseau du Pêcher. Aussi, la conception technique a prévu de rajouter un ouvrage de traitement du phosphore et un bassin tampon, placé en amont du filtre pour améliorer la qualité du rejet en milieu naturel. Le traitement des eaux usées se fait dans un filtre planté de roseaux. Les eaux traitées seront ensuite infiltrées dans une zone de rejet végétalisée.